La Fédération s'engage pour que le domaine de la santé en Suisse prenne en compte les médecines complémentaires et alternatives. Son but est notamment l'application des revendications centrales liées à l'article 118a « Médecines complémentaires » de la Constitution fédérale.

 Promotion de la médecine intégrative (collaboration entre la médecine traditionnelle et complémentaire)

• Admission des méthodes médicales de la médecine complémentaire dans l'assurance de base et dans les autres assurances sociales (SUVA, assurance militaire et assurance invalidité)
• Encouragement de l'enseignement et de la recherche
• Création de diplômes nationaux et d'autorisations cantonales de pratiquer pour les thérapeutes non-médicaux
• Garantie de la diversité des produits thérapeutiques

Afin de réaliser le but de l'association, la Fédération prend des mesures appropriées, lance des projets et peut participer activement à des actions de tiers. Ses tâches sont notamment :

• représenter les intérêts auprès du corps législatif, de l'exécutif et des autorités fédérales et cantonales (participation aux discussions sur la politique de la santé, aux procédures de consultation et participation à des interventions, lancement d'initiatives et référendums populaires cantonaux)
• assurer le secrétariat général du groupe parlementaire Médecine complémentaire
• service de presse (médias spécialisés et publics)
• créer et gérer des passerelles avec l'étranger